Esta hipótesis se basa en hechos bien contrastables, cuales son éstos :

1) En primer término nos podemos basar en el carácter polihíbrido de esta raza, en cuya génesis intervinieron variedades de pelo largo, históricamente reconocidas. Así, encontramos siempre las referencias a unos ancestros como los perros turingios, de pequeño o medio tamaño, grisáceos, de pelo corto o muy corto y más bien duro; a unos perros de Sajonia, menos esbeltos, con orejas no erectas, cola caída y pelo largo y abundante, una variedad que algunos autores denominan de Hannover; y también a otro perro de la región de Würtenberg, más grande y pesado, con un pelaje de longitud intermedia, probablemente descendiente directo de aquel perro de Hovawart (perro de granjas de la Edad Media y principios de la Moderna, que se extinguió como tal y que el propio Von Stephanitz -precursor de la raza- situaba como ancestro de la raza) y que presentaría un pelo seguramente largo y casi sedoso. El "Phylax Club", precursor del SV, con el Capitán Riechelmann a la cabeza, manejaba a finales del siglo XIX tres variedades de perro de pastor: el "Schäferhundmächen", de pelo corto y duro; el "Stoppelhopfer", de pelo intermedio y lanoso; y el "Trutzig", con el pelo más largo y suave que los otros. Estas variedades serían los ascendientes más próximos de los primeros pastores alemanes registrados como tales, originarios de todas las líneas que conducen hasta nuestros perros de hoy en día.
De ello se infiere que, como resultado de los entrecruzamientos realizados entonces con aquellos tipos de perros, surgió una mayor proporción de los de pelo corto, que se quería seleccionar, pero mostrándose como dominante sobre el pelo largo, sin embargo muchos de esos descendientes serían portadores del gen recesivo del pelo largo no deseado.
2) En segundo lugar hay que considerar los resultados que hoy mismo se obtienen en la crianza, que muestran un perfecto ajuste a las leyes mendelianas en cuanto a la transmisión del pelo largo.
Así, en un determinado cruce entre dos ejemplares cualesquiera de pelo corto, se puede dar una camada de ejemplares todos con el mismo pelaje que sus padres. Pero, repitiendo otra vez exactamente el mismo cruce, pueden aparecer uno o más cachorros de pelo largo.
También se dá el caso de no aparecer el pelo largo en una o en varias generaciones, y resurgir después en una muy posterior, lo que apunta claramente a esa recesividad del caracter.
Además, en un cruce entre un pastor alemán de pelo corto y uno de pelo largo se ha constatado una descendencia totalmente libre de ejemplares de pelo largo. Y por el contrario, en los apareamientos entre dos perros de pelo largo, nunca, que sepamos, se han obtenido cachorros de pelo corto.
Todo ello vuelve a reafirmar la dominancia del pelo corto sobre el largo.
3) En tercer lugar, se encuentra el hecho probado de la proporcionalidad en las camadas. Evidentemente, existen unas en las que no se llega a dar ni un solo de estos cachorros, y otras en las que aparecen varios. Pero, a partir de cierta magnitud de ellas, tomadas en conjunto, es bien observable que el pelo largo ronda el 25%, como media, de los cachorros nacidos en las mismas.
4) Consecuencia de este promedio de nacimientos, existe también una proporcionalidad poblacional similar en el conjunto de pastores alemanes que hay en todo el mundo, y también dentro de cada país. Estadísticas realizadas en Alemania apuntan a que el 20-25% de la población de pastores alemanes es de pelo largo.
5) La inmutabilidad de esta proporción tras tantos años de selección es también indicativa de la recesividad del caracter y su casi imposible erradicación, ya que probablemente la mayor parte de los perros serían híbridos portadores del carácter recesivo, y además no hay medio de reconocer y distinguir de éstos a los posibles puros de pelo corto, que no porten el pelo largo en su genoma.
6) Por otra parte, en la transmisión de los caracteres genéticamente cuantitativos está probada la influencia de la varianza ambiental, que puede llegar a ser determinante en algunos casos. En el caso del pelo largo es más que evidente la nula influencia del entorno, dándose en proporciones idénticas en los más diversos ecosistemas, latitudes geográficas, poblaciones o subpoblaciones y distintos medios socioambientales, respondiendo así al comportamiento de  los caracteres cualitativos.
7) Por último, el fenotipo de los pastores alemanes de pelo largo lleva asociados otros rasgos propios, aparte de la longitud del pelo, tal y como sucede en el caso de los caracteres cualitativos, y no en el de los cuantitativos. (No hay diferencias fenotípicas entre un pastor alemán displásico y otro libre de displasia, pero sí entre un pastor alemán de pelo corto y otro de pelo largo. La displasia es un caracter cuantitativo, y el pelo largo es cualitattivo).

Respondiendo, pues, al modelo más simple de transmisión genética de Mendel, la situación sería la siguiente: En los orígenes, al cruzar perros de pelo corto dominante (CC) con otros de pelo largo recesivo (ll), se habría obtenido una primera generación filial enteramente de híbridos de pelo corto portadores del gen responsable del pelo largo (Cl).

Más tarde, serían esos portadores (Cl) los que se cruzarían entre sí, dando lugar a una descendencia tal que el 25% serían de pelo corto puros (CC), el 25% de pelo largo puros (ll) y el 50% de pelo corto pero portadores del largo (Cl).

Pero siendo perfectamente distinguibles los fenotipos de los pelo corto puros (CC) y los de pelo largo puros (ll), sin embargo no hay diferencias externas entre los de pelo corto puros (CC) y los de pelo corto portadores de largo (Cl), de forma tal que se tendría una población seleccionada para la cría de perros de pelo corto, en la que los dos tercios (el 66,66%) siempre darían algún pastor alemán de pelo largo, y además no habría medio alguno de poder diferenciar de ellos al otro tercio (33,33%) correspondiente a los de pelo corto puros.
En esta situación, la probabilidad de que llegaran a coincidir dos CC puros en un cruce habría sido sólo de 1/3X1/3=1/6 (el 16,66%), y por lo tanto en el 83,33% de los casos habría intervenido siempre un híbrido Cl. Ello nos lleva a pensar que, en sucesivas generaciones, la población de CC puros tendería a haber ido necesariamente disminuyendo cada vez más, llegando hoy a estar mayoritariamente presentes los portadores Cl en el conjunto, con el transcurso del tiempo.

Como consecuencia, y en torno a las polémicas suscitadas entre criadores y aficionados: 

a) Hablar de erradicar el pelo largo totalmente es poco menos que imposible, en tanto que no medien técnicas de manipulación genética (que esperemos nunca lleguen a la cría).

b) Hablar de "propensión" a dar pelo largo en un reproductor o reproductora, es absurdo en una población mayoritariamente híbrida y portadora del gen responsable (toda esa mayoría de perros es susceptible de dar cachorros de pelo largo). 

c) Hablar de permitir a los de pelo largo en la reproducción supondría llegar a aumentar su proporción hasta el 50% o más, ya que en su cruce con cualquier híbrido Cl daría como mínimo un 50% de ll, y además habrían cruces de ll x ll, que engendrarían siempre un 100% de pelo largo.

d) Los porcentajes de las variedades obtenidas en los cruces han de entenderse siempre como probabilidades, y no como proporciones exactas, lo que explica que haya camadas mayoritariamente de pelo largo en el cruce entre dos perros de pelo corto, o la ausencia total de ellos en otras.